احمد احمدی

بلدرچین ژاپنی متعلق به راسته گالیفورم و خانواده فاسیانیده، علاوه بر تولید گوشت و تخم به عنوان یک حیوان آزمایشگاهی مورد توجه قرار گرفته است. جهش های ایندلی مسئول ایجاد شکاف در توالی های همتراز شده و همچنین یکی از منابع مهم تغییرات تکاملی در سطوح مولکولی می باشند. در این پژوهش با استفاده از نرم افزار CLC Genomic Workbench 7.5 با دنوو اسمبل DNA بخشی از ژنوم 78 نمونه بلدرچین ژاپنی توالی مرجع در حدود 6/8 مگا باز با کانتیگ های منحصر به فرد 95 بازی ایجاد شد. سپس تک تک نمونه ها با این توالی مرجع نقشه یابی شدند که از بین این 78 نمونه نقشه یابی شده در حدود 51 درصد خوانش ها با توالی مرجع همتراز و 49 درصد باقی مانده عدم همترازی را نشان دادند. در نهایت 1046 ایندل شناسایی شد که از این میان حدود 75 درصد و 25 درصد به ترتیب به جهش های الحاقی و حذفی تعلق داشت که درصد بالایی از ایندل ها در محدوده 5-1 جفت بازی قرار داشتند. فراوانی هموزیگوتی و هتروزیگوتی در کل ایندل ها به ترتیب با تعداد 707 و 339 ایندل شناسایی شد که در بین آنها جهش های الحاقی با طول 1 باز بیشترین فراوانی را به خود اختصاص داده اند. تعداد 141 ایندل دارای توالی تکراری بود که بیشترین طول توالی تکرار شونده در ایندل ها محدوده 6-1 جفت باز قرار داشتند هم چنین بیشترین فراوانی نوکلئوتیدی در ایندل های یافت شده در مناطق تکرار شونده و غیر تکراری به باز آدنین در جهش های الحاقی تعلق داشت. از سوی دیگر نسبت فراوانی نوکلئوتیدی (A+T) به (G+C) در ایندل های یافت شده در مناطق غیر تکرار شونده به ترتیب 53 به 47 درصد مشاهده شد. که بالاترین تنوع نوکلئوتیدی در جهش های الحاقی جای داشت. در نهایت به ازای هر 2/8 کیلو باز یک ایندل (2/8 Kbp/ID =) و احتمال وقوع یک ایندل در هر جفت باز 0001/0 ( 4-10× 21/1= IDE/bp) مشاهده شد.